由于微生物营养类型复杂，不同微生物有不同的营养需求，因此首先要根据不同微生物的营养需求配制针对性强的培养基。例如，培养自养型微生物的培养基完全可以由简单的无机物组成；而培养异养型微生物则需要在培养基中添加有机物，另外，不同类型异养型微生物的营养要求差别也很大，其培养基组成也相差很远。

就微生物主要类型而言，有细菌、放线菌、酵母菌、霉菌、原生动物、藻类及病毒之分，培养它们所需的培养各不相同，在实验室中常用牛肉膏蛋白胨培养基（或简称普通肉汤培养基）培养细菌；用高氏1号合成培养基培养放线菌；培养酵母菌一般用麦芽汁培养基；培养霉菌则一般有查氏合成培养基。

就培养微生物的目的而言，如果为了获得菌体，则培养基的营养成分特别是含氮量应高些，以利菌体蛋白质的合成；如果为了获得代谢产物，则要考虑微生物的生理和遗传特性，以及代谢产物的化学组成，一般要求碳氮比（C/N）应高些，使微生物不致生长过旺，有利于代谢产物的积累，另外，有些代谢产物的生产中还要加入作为它们组成部分的元素或前体物质。

营养物质浓度过低不能满足微生物生长的需要；浓度过高时则可能抵制微生物的生长。例如，金属离子是微生物生长所不可缺少的矿质元素，但浓度太大（特别是重金属离子），反而起到抑菌或杀菌作用。因此，微生物只有在营养物质浓度适当时才能生长良好。此外，各营养物质之间的配比，特别是C/N直接影响微生物的生长繁殖和代谢产物的积累。碳氮比一般指培养基中元素碳和元素氮的比值，有时也指培养基中还原糖与粗蛋白的含量之比，　不同的微生物需要不同的营养物质的配比，一般细菌和本酵母菌细胞C/N约为5/1，霉菌细胞约为10/1。

各类微生物生长繁殖和代谢过程中，由于营养物质被分解利用和代谢产物的形成与积累，会导致培养基PH值发生变化，若不对培养基pH值条件进行控制，往往导致微生物生长速度下降或代谢产物产量下降。因此，为了维持培养基pH值相对恒定，通常在培养基中加入pH值缓冲剂，常用的缓冲剂是一氢和二氮磷酸盐组成的混合物。磷酸氢二钾溶液呈碱性，磷酸二氢钾呈酸性，两种物质的等量混合溶液的pH值为6.8，对于能生产大量酸与碱的微生物，使用缓冲剂和碳酸盐都不足以解决问题，这需要在培养过程中不断添加酸或碱调节。

多数微生物能群忍受渗透压较大幅度的变化，一般情况下，等渗溶液适宜微生物的生长，高渗溶液会使细胞发生质壁分离，而低渗溶液则会使细胞吸水膨胀，对细胞壁脆弱或丧失的各种缺壁细胞来说，在低渗溶液中还会破裂，因此，配制培养基时要注意渗透压的大小，要掌握好营养物质的浓度。

配制培养基还应遵循经济节约的原则，尽量选用价格便宜、来源方便的原料，特别是在工业发酵中，培养基用量大，要降低产品成本就更应注意这一点。

为了避免杂菌污染，培养基必须及时严格地灭菌，通常采用高压蒸汽灭菌，一般培养基用121℃，维持15～30分钟，可彻底灭菌，长时间的高温灭菌会使某些不耐热的物质破坏，如使糖类物质形成氨基糖、焦糖，因此，含糖培养基常用121℃，维持15～30分钟灭菌，某些对糖类要求更高的培养基，可先将糖过滤除菌或间歇灭菌，再与其他已灭菌的成分混合，高压蒸汽灭菌也可以会使培养基PH值改变，应在配制培养基时加以调节。

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